Es un animal bajo y compacto, con la cabeza, cuello y cuerpo fusionados en una sola unidad. Las hembras pesan entre 700 y 1000gr. y los machos entre 900 gr. y 1,300 kg., presentando estos últimos una zona de piel oscura por encima del ano que corresponde a la presencia de una glándula marcadora de territorio. Carece de cola y sus dientes crecen continuamente durante toda la vida, por lo deben ser controlados si un diente se rompe o se desvía para instaurar un tratamiento lo antes posible y evitar un serio problema de salud. Viven aproximadamente de 5 a 7 años.
Hay 3 variedades comunes: el cobayo de pelo corto (inglés o americano), el cobayo abisinio (de pelo corto y áspero que crece en rosetas) y el cobayo peruano (de pelo muy largo y suave). El color del pelaje es muy variado, con ejemplares de un solo color y otros con combinaciones de 2 ó 3 colores.
Es un animal muy vocalizador, se hace oír mediante agudos chillidos para reclamar comida, agua o cuando se siente incómodo por la suciedad de su casa.
Se caracteriza por ser manso aunque siempre está muy alerta. Es muy raro que muerda ante una situación extraña o manipulación, en general la respuesta puede ser de inmovilidad o por el contrario el escape a gran velocidad. Es muy social pudiendo vivir en grupo con hembras, crías y otros machos.
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